El secreto está en el menú emergente "Servicios seleccionados" en la parte superior del diálogo. Ajústalo a "archivos o carpetas".
Entonces su servicio Automator recibirá la lista de archivos y carpetas seleccionados.
Ahora sólo tienes que usarlos. Añade una acción "Ejecutar Shell script". El shell script puede recibir la lista como argumentos o a través de stdin. Dado que es poco probable que seleccione suficientes archivos como para causar problemas en una cadena de argumentos, seleccione "como argumentos" en la ventana emergente "Pass input:".
Matthieu tiene razón: deberías tener una confirmación.
Ahora todo tendrá este aspecto :-