¿Dónde se almacenan los archivos "objeto" y "ejecutable" de C en Xcode?

1. Los archivos se almacenan en el directorio del proyecto; en Xcode, busca el archivo que quieras ver dónde está, haz clic con el botón derecho y elige "Mostrar en el Finder".
2. No. Tendrás que recompilar para otras plataformas, y posiblemente cambiar el código para que sea más portable. (Esto último, por supuesto, depende de las bibliotecas que utilices).
3. Probablemente. Xcode puede establecer algunas banderas del compilador que no lo haría en la terminal. Busque en la configuración de su proyecto para estos.
4. Yo esperaría que sí, pero no sé cómo.
5. Clang del proyecto LLVM. Apple solía utilizar gcc.

Esto es de mi Mac Yosemite (10.10.4) con Xcode 6.4:

$ clang --version
Apple LLVM version 6.1.0 (clang-602.0.53) (based on LLVM 3.6.0svn)
Target: x86\_64-apple-darwin14.4.0
Thread model: posix

Curiosamente, gcc también es en realidad clang:

$ gcc --version
Configured with: --prefix=/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/usr --with-gxx-include-dir=/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX10.10.sdk/usr/include/c++/4.2.1
Apple LLVM version 6.1.0 (clang-602.0.53) (based on LLVM 3.6.0svn)
Target: x86\_64-apple-darwin14.4.0
Thread model: posix

6. Si quieres desarrollar aplicaciones nativas para Mac o iOS, prácticamente tienes que usar Xcode. Las aplicaciones Java no son nativas, y no se puede escribir código Java en Xcode. (Uno solía ser capaz de escribir Java en Xcode antes de OS X 10.4, antes de que el puente Cocoa-Java fuera obsoleto).