Finalmente he resuelto este problema con una aplicación que se llama "Navegador de Archivos." En lugar de enviar los archivos a la sección de Vídeo de iTunes, el uso de la Aplicación de la función de Sincronización de Archivos de iTunes para enviar los archivos a Explorador de Archivos. Tenga en cuenta que otro archivo de la utilidad de las aplicaciones deben trabajar así, no solo el que yo uso (llamado Explorador de Archivos).
Después de mover los archivos en el archivo de la aplicación, usted puede examinar los archivos de la aplicación. Explorador de archivos se iniciará archivos de vídeo utilizando el iPad nativo de ver el Vídeo del programa. Así se logra la meta declarada en mi quesion.
Desde que empecé a hacer esto yo ahora uso un programa de Windows llamado Disco de la Ayuda que emula a iTunes para el iPad y te permite tener control total sobre el iPad de la estructura de archivos para copiar archivos a y desde el dispositivo. Yo todavía uso Explorador de Archivos en el iPad para iniciar los archivos de vídeo desde el iPad. Yo uso el Disco Ayuda a mover los archivos al iPad en lugar de iTunes, y empiezo a archivos de vídeo en el iPad con un Explorador de Archivos, lo que me permite ejecutar los vídeos en el iPad nativo de programa de vídeo.