El Capitan: todas las aplicaciones se bloquean al navegar o guardar un archivo

Sé que esto es viejo, pero aquí están mis dos centavos:

Yo experimenté exactamente el mismo problema que describes. Lo que me resolvió fue borrar el archivo plist de preferencias del Finder

~/Library/Preferences/com.apple.finder.plist

Luego cierra la sesión o reinicia, y problema resuelto.

Mi primer pensamiento es que Finder está dañado de alguna manera.

Primero haz una copia de seguridad de tus archivos. (Copie manualmente al disco duro externo o utilice Time Machine para hacerlo por usted)

Ahora que has hecho una copia de seguridad: Arranca la recuperación (Comando + R, mientras enciendes) y luego reinstala OSX sobre tu instalación actual. Esto debería reparar/reemplazar cualquier archivo dañado que pudiera estar causando el mal comportamiento del Finder.