Esperaba obtener una respuesta mejor que la que tú tienes, porque yo estoy buscando lo mismo. De todas formas, aportaré mi solución porque está más cerca de salvar esa división entre texto plano y texto enriquecido.
Estoy usando SubEthaEdit, enciende "Mostrar modificaciones" y luego borra todas las modificaciones. Esto resalta lo que cambio, así que puedo borrar + deshacer una palabra o línea para resaltar algo. En esta aplicación puedes guardar como texto o como un documento Subetha, dependiendo de si quieres guardar los resaltados pero los míos son casi siempre transitorios. Me gusta porque puedo abrir un documento de texto directo (código fuente o un archivo de registro) y empezar inmediatamente a hacer resaltes sin necesidad de convertirlo primero a RTF. También tiene un espectacular soporte para regex (e incluso he usado la característica del titular: edición colaborativa, pero no por un tiempo). Desgraciadamente, no puedes hacer anotaciones no destructivas ni usar múltiples colores ni nada.
Tampoco es gratis, pero incluso con todas esas advertencias que mencioné, me ha salvado muchas veces y valió la pena el dinero. ¡Seguiré comprando cosas hasta que encuentre la indicada!