La partición de Windows no se tocará si sólo se reinstala en la partición de Mac. a no ser que formatees todo el disco, entonces tienes una problema
* "Una explicación más profunda
Mapa o tabla de particiones: son instrucciones escritas al principio de la unidad que indican al hardware desde el que se ejecuta: qué, cuántas y dónde están las particiones en la unidad. Sólo hay un mapa de particiones en la unidad. Puede ser MBR o GUID.
Partición: es un espacio en la unidad que aparece como otro volumen, pero que sigue residiendo en la misma pieza de hardware físico.
Formateo - es la forma en que una unidad o partición completa está estructurada para mantener los datos, una unidad puede ser dividida en muchas particiones separadas, cada una con su propio formato. El mapa de particiones contiene toda la información de qué es qué.
Cambiar el mapa de particiones/esquema de tablas borrará todos los datos de la unidad completa, es como quemar un mapa del tesoro, ya no hay direcciones.
Cambiar el formato de una sola partición en una unidad multipartita sólo borra los datos de la partición que se está formateando." *
FUENTE : https://discussions.apple.com/docs/DOC-3044