Estoy mirando el siguiente problema después de actualizar a El Capitan. Dice:
Installing shared extensions: /usr/lib/php/extensions/no-debug-non-zts-20121212/
cp: /usr/lib/php/extensions/no-debug-non-zts-20121212/#INST@826#: Operation not permitted
mientras se ejecuta sudo make install en mcrypt/php-5.6.13/ext/mcrypt carpeta. Creo que esto es debido a SIP pero lo que es al revés.