Ejecutar un sistema operativo de forma nativa frente a ejecutarlo a través de una máquina virtual tiene sus puntos fuertes y débiles.
Ejecutarlo de forma nativa le dará un mejor rendimiento porque no está ejecutando dos sistemas operativos al mismo tiempo. Tu instalación nativa tendrá toda la RAM y ciclos de CPU para sí misma. Si tienes espacio extra en el disco duro que no te importa particionar para usar en la instalación, es genial, sólo asegúrate de tener suficiente espacio al principio porque expandir particiones puede ser un dolor. Hay muchas guías para instalar Ubuntu en tu mac en toda la web, por lo general con rEFIt. Esto puede ser un poco complicado dependiendo del Mac que tengas, pero si sigues las guías con cuidado, todo debería ir bien.
Ejecutarlo en una caja virtual puede ser grande, sin embargo, porque es la forma más fácil y sin complicaciones para obtener ubuntu en tu mac. Esto es lo que yo recomendaría. Tenerlo en una caja virtual significa que usted no tiene que particionar su unidad, por lo general se puede mover fácilmente entre Macs, y no requiere que reinicie su máquina, incluso se puede eliminar si lo odias y no reparticionar para recuperar su espacio. Y lo mejor de todo es que puedes seguir accediendo a la parte de mac en cualquier momento y cambiar entre ambas sin problemas. Las desventajas de esto son por lo general el rendimiento cuando se trata de cosas pesadas, si usted está haciendo las cosas regulares (navegación web, programación, edición de documentos, etc), aunque entonces no será un problema, si usted planea hacer super CPU, RAM, GPU cosas intensivas en su lado ubuntu entonces es posible que desee considerar la ruta de instalación nativa. Realmente depende de ti. Cuanta más RAM mejor. La mayoría de las máquinas vienen con 4 GB que es bueno para ejecutar OSX Lion y Ubuntu lado a lado.
Personalmente, recomendaría probar primero la instalación de la caja virtual, a ver qué te parece y cómo rinde. Si todo va bien, no hace falta probar la instalación nativa. Si no, entonces esas guías que hay por todo internet te marcarán el camino.
Espero que esta respuesta le ayude.