Las únicas diferencias super importantes que tienen los Apple TV de 1ª generación respecto a los nuevos es la capacidad de almacenar películas, música, contenido, etc. porque tienen un disco duro físico para hacer esas cosas. Otra diferencia es que pueden conectarse a las televisiones a través de cables de componentes Rojo, Azul, Verde. Tampoco admiten Airplay sin un hack o una solución de software. Además, el Apple TV más reciente, el de 3ª generación, permite la reproducción en HD 1080p, mientras que los antiguos solo admiten la reproducción en HD 720p.
También hay algunas otras diferencias menores en tamaño, consumo de energía, opciones de software/SO, etc.
Los nuevos Apple TV no tienen discos duros ni salidas de Cable de Componentes y admiten Airplay directamente. Airplay es probablemente la mayor característica que hace que las personas que no quieren hacer trucos se cambien a la caja más nueva. Es bastante genial. La reproducción en HD 1080 es agradable, pero dependiendo de tu televisor, puede que no sea notorio/importante.
A algunas personas les gustan los antiguos también porque se pueden hackear y usar como computadoras linux (enlace) con almacenamiento real y ya que también pueden almacenar cosas en ellos, puedes llevártelo contigo y tener vídeos/música en él sin necesitar internet para transmitir tu contenido.
Aunque la mayor razón probablemente sea su capacidad de ser hackeados, son pequeñas computadoras con una cantidad decente de potencia. Y como ya no se venden y siguen siendo buscados, eso explicaría su precio por encima del promedio.
Los nuevos Apple TV requieren conexión a internet de algún tipo o al menos una red local para transmitir vídeos, películas y datos desde un ordenador o internet.
También son significativamente más pequeños, los Apple TV antiguos son mucho más grandes.
Puedes ver todas las diferencias en su página wiki, donde se detallan las diferencias en funciones entre los dispositivos e incluso se habla sobre la mayoría de los hacks disponibles. Muy informativo.
http://en.wikipedia.org/wiki/Apple_TV
Espero que esta respuesta te sea útil.