Mi observación es que los "espacios" (ahora llamados "escritorios") en Mountain Lion se clasifican en un orden del tipo "utilizado más recientemente". Es decir, cuanto más a menudo se cambia a un escritorio en particular, más cerca del "frente" de la lista de escritorios se mueve. Si activas el gesto de Mission Control de "deslizar hacia arriba" con 4 dedos, podrás ver los escritorios en su orden de "deslizamiento".
Sospecho que una de las razones es que las aplicaciones de "pantalla completa" tienen su propio escritorio, por lo que el número de escritorios varía dinámicamente, y el simple esquema de número/rejilla de versiones anteriores de OS X ya no se puede aplicar.
Suelo cambiar de aplicación con command-tab, así que la ubicación absoluta de los escritorios no es tan relevante para mí. De vez en cuando echo de menos la posibilidad de cambiar a un escritorio concreto con control numérico, pero me he acostumbrado a usar "deslizar hacia arriba" para encontrar y seleccionar el escritorio que quiero.
Si quieres asociar una aplicación con su propio escritorio, cambia al "último" escritorio (vacío), inicia la aplicación y selecciona Opciones->Asignar a este escritorio en el menú contextual del dock para esa aplicación. Si la aplicación admite el modo de pantalla completa, basta con cambiarla a pantalla completa y creará su propio escritorio.
Iba a incluir una captura de pantalla de muestra de "Control de la misión" a continuación, pero todavía no he respondido a suficientes preguntas aquí, así que he publicado en dropbox en su lugar. En esta vista puedes deslizar los cuatro dedos a izquierda y derecha para cambiar de escritorio, o puedes hacer clic en la miniatura del escritorio al que quieres cambiar. En la parte superior de la pantalla están las miniaturas de los escritorios. Spotify está en modo de pantalla completa. El escritorio 4 no tiene aplicaciones. Si pongo una aplicación ahí, aparecerá un nuevo Escritorio 5 vacío. Actualmente estoy en el Escritorio 1, que se muestra "explotado" debajo de las miniaturas.
