Así que me encontré con un comando que me permite crear Muelle de entradas a través de Terminal. Este estaba trabajando bien en OS X El Capitan, pero no con macOS Sierra.
Alguna idea de cómo esto se puede hacer con macOS Sierra?
Este es el ejemplo de comando que funciona con OS X El Capitán:
defaults write com.apple.dock persistent-apps -array-add "<dict><key>tile-data</key><dict><key>file-data</key><dict><key>_CFURLString</key><string>/Applications/VLC.app</string><key>_CFURLStringType</key><integer>0</integer></dict></dict></dict>"