Desafortunadamente, Apple ha "decretado" que ninguno debe utilizar un iPhone/iPod sin el uso concomitante de iTunes para administrar el dispositivo.
Sí, esto es lo que la gente dijo, pero con la adición de que realmente no se puede. No sin una buena cantidad de cortar a su alrededor en el iPhone. El iPhone del sistema de archivos no está expuesto a uso general y no está diseñado para ser utilizado con Linux (por ejemplo, ningún iTunes para Linux). Aunque no podría ser una manera (y lugar) para copiar tus archivos de audio (sí, el iPhone juega genérico de archivos WAV y MP3) a tu iPhone de forma manual, por lo general, no se admite.
Lo que puede hacer es ver si hay un iTunes equivalente de aplicación para Linux que te permitirá sincronizar música/podcasts/etc. Si por favor post que aquí, podría ser útil a los demás.