Después de eliminar una aplicación en mi iPhone, iTunes la copia en la siguiente sincronización

El problema tiene que ver con la función de descargas automáticas de iTunes e iOS. Creo (no estoy 100% seguro) que cuando se actualiza a iTunes X y iOS 5 la función de sincronización automática de aplicaciones entre dispositivos está activada por defecto, y depende del usuario desactivarla.

Básicamente, cuando descargues una aplicación con esta función activada, se descargará también una copia en tu ordenador. A continuación, puede eliminar esta aplicación del iPhone, pero sin embargo permanecerá en iTunes.

Ahora, cuando conectes tu iPhone, hay otro ajuste que significa que la aplicación eliminada se enviará directamente desde iTunes a tu iPhone. Ve a la sección de aplicaciones en la pestaña del iPhone cuando esté conectado en iTunes, y debajo de la lista de aplicaciones que se sincronizarán hay una opción para "Sincronizar automáticamente las nuevas aplicaciones". Esto hace que iTunes envíe esa aplicación que copió cuando la descargaste originalmente de tu iPhone directamente a tu iPhone. Así que, para solucionar tu problema, desmarca esta opción.

Si quieres desactivar completamente las descargas automáticas de aplicaciones, en iTunes ve a Preferencias - Tienda - y desmarca la casilla "Aplicaciones". En el iPhone, ve a Ajustes - Tienda, y haz lo mismo.