Para contribuir a esta discusión, y a la confusión causada por esta "característica": sí, efectivamente, puedes cerrar la ventana principal de notas, después de "anclar" una o más notas separadas, pero ya no puedes abrirla. Al hacer clic en la aplicación de notas, sólo se activarán las notas ancladas que estén abiertas en ese momento. Tienes que cerrar todas tus notas ancladas primero, si quieres volver a abrir la ventana principal de notas para crear una nueva nota, o para abrir otra. Esto es muy molesto.
Además, cuando anclas una nota, cierras la ventana principal, y luego cierras las notas ancladas para volver a abrir la ventana principal de notas, es posible que encuentres tus notas previamente ancladas por duplicado, o incluso por triplicado cuando seleccionas ver "Todas las notas". Resulta que las notas previamente "ancladas" aparecen ahora tanto en su carpeta original (en mi caso en iCloud), y en la carpeta "elementos recuperados" en "En mi Mac".