Esto suena a que el kext que controla el teclado/ratón incorporado ha desaparecido o está dañado. Creo que el kext en cuestión es algo parecido a "IOUSBFamily.kext". Dudo que esto sea un problema de hardware/firmware ya que Windows reconoce la entrada del teclado/trackpad integrado.
Puede intentar reparar el disco usando la Utilidad de Discos en el volumen de recuperación y luego reparar los permisos usando la Utilidad de Discos mientras arranca en el volumen HD de su Macintosh.
Si no se resuelve el problema, yo intentaría archivar e instalar el sistema operativo...
- Para arrancar en la partición de recuperación es necesario apagarlo
- Al arrancar, utilizando el teclado USB, pulse command + r o si eso no funciona pulse option hasta que vea sus particiones, entonces seleccione recuperación 10.x
- Espere a que la herramienta de recuperación se inicie
- Seleccione "Reinstalar OS X".
- Sigue las indicaciones en pantalla para reinstalar OS X
Este proceso DEBE preservar sus datos, pero como siempre es una buena idea tener un copia de seguridad de los datos pertinentes de antemano. La reinstalación revisará y reinstalará los archivos de base del sistema, lo que debería incluir el kext faltante o dañado responsable del problema, mientras que dejará los archivos que usted haya agregado.
Esperemos que todo vaya bien y que se solucione.