Por desgracia, la Time Capsule no hará copias de seguridad de tu partición de Windows. Tendrás que hacerlo por separado.
Sugeriría utilizar un programa como Crashplan para hacer una copia de seguridad de todo el disco duro de Windows en un disco duro externo (gratis con Crashplan). Después formatea y/o restaura tu disco duro Mac OS X desde la Time Capsule sin cambiar las particiones, y finalmente formatea y/o restaura tu partición Windows desde la copia de seguridad de Crashplan.
Por supuesto, Windows es Windows, necesita un formateo de vez en cuando (sí, tengo prejuicios) y no tiene una opción adecuada de "restaurar todo el sistema operativo desde la copia de seguridad" como Mac OS X, un camino más fácil podría ser simplemente hacer una copia de seguridad de los datos importantes reales de la partición de Windows, como documentos y preferencias de aplicaciones, en un disco duro externo, y luego formatear la partición e instalar una nueva copia de Windows en la que copiar sus cosas importantes. Eso es probablemente lo que yo haría.