Tengo una solución de ingeniería inversa. Lo he probado en mi máquina, corriendo Yosemite 10.10.4 (14E46). Si puedes encontrar el ID del paquete (en el archivo Info.plist del paquete de aplicaciones), puedes usar este script para forzar a la aplicación a aparecer en el panel de preferencias de notificaciones.
# "Usernoted" seems to be the "user notifications daemon", so get it's PID.
pid=$(ps aux | grep -i [u]sernoted | awk '{print $2}')
# Find the sqlite3 database that this program has open. It's in a "private" folder (app sandboxing).
db="$(lsof -p $pid | grep com.apple.notificationcenter/db/db\$ | awk '{print $9}')"
# I got the bundleid from Spotify.app/Contents/Info.plist
bundleid="com.spotify.client"
# I use 0 as the flags because you can change all the settings in System Preferences
# 5 seems to be the default for show_count
# Grab the next-highest sort order
sql="INSERT INTO app_info (bundleid, flags, show_count, sort_order) VALUES ( '$bundleid', 0, 5, (SELECT MAX(sort_order) + 1 FROM app_info) );"
# Run the command
sqlite3 "$db" "$sql"
# Restart usernoted to make the changes take effect
killall usernoted
En este punto puedes abrir Preferencias del Sistema -> Notificaciones, y encontrarás la app que acabas de añadir al final de la lista. Puede activar / desactivar el icono de la insignia de esta página.