¿Utilizas la aplicación Youtube.app? Porque si no la usas, puedes desactivarla. Ve a Ajustes > General > Restricciones. Allí puedes desactivar varias aplicaciones, una de ellas es la aplicación Youtube. Con la aplicación de Youtube desactivada, un enlace de Youtube en Safari ya no te redirigirá a la aplicación nativa de Youtube. El icono de la aplicación de Youtube ya no aparecerá en tu pantalla de inicio/springboard y tampoco podrás lanzarla desde spotlight, por lo que tendrás que utilizar el sitio de youtube para móviles en Safari si quieres navegar por los vídeos de Youtube.
Si no estás dispuesto a desactivar la aplicación nativa de Youtube no hay manera de cambiar este comportamiento.