El problema es tu ffmpeg. Si le dices a ffmpeg que use aac y codifica en he aac, entonces hay algo mal en tu ffmpeg, porque especificar aac nunca debería resultar en he aac. Sólo diciendo a ffmpeg que codifique usando libaacplus o libfdk_aac debería resultar en codificaciones he aac.
Aquí tienes una idea... construye tu propio ffmpeg desde el código fuente, porque tu binario se construyó mal (si lo que dices es cierto).
Puede descargar el código fuente de ffmpeg y compilarlo manualmente:
git clone git://source.ffmpeg.org/ffmpeg.git ffmpeg
Pero es mucho más fácil instalarlo utilizando la gestión de paquetes, como macports:
MacPorts requiere una versión adecuada de xcode; xcode_5.1.1.dmg es la versión más reciente para Mavericks (después de registro para obtener una cuenta de desarrollador gratuita, y Inicio de sesión a developer.apple.com, ese enlace iniciará la descarga de xcode). Una vez completada la descarga, abre tu Terminal.app y completa la instalación:
hdiutil attach -quiet -noverify -nobrowse -noautoopen ~/Downloads/xcode_5.1.1.dmg
cp -npR /Volumes/Xcode/Xcode.app /Applications/
hdiutil detach -quiet /Volumes/Xcode
Descarga y construye macports:
Guía MacPorts
curl -Ok https://distfiles.macports.org/MacPorts/MacPorts-2.2.1.tar.bz2
tar xf MacPorts-2.2.1.tar.bz2
cd MacPorts-2.2.1
./configure
make
sudo make install # *not war!*
cd ..
rm -rf Macports-*
sudo /opt/local/bin/port -v selfupdate
diskutil quiet repairPermissions /
añade macports a tu $PATH:
export PATH=/opt/local/bin:/opt/local/sbin:$PATH
export MANPATH=/opt/local/share/man:$MANPATH
construye tu ffmpeg
sudo port -vsc install ffmpeg
puedes mantenerlo todo actualizado de forma sencilla con:
sudo port -vsc selfupdate
sudo port -vsc upgrade installed
Si no estás satisfecho y/o necesitas eliminar MacPorts:
sudo port -dfp uninstall --follow-dependencies installed
sudo port -dfp uninstall all
sudo rm -rf /opt/local
sudo rm -rf /Library/Tcl/macports*
