Tuve el mismo problema que tú. Esto es lo que hice para eliminar los duplicados rápida y fácilmente.
- Exporta toda tu biblioteca de fotos a una carpeta.
- Cerrar las fotos y crear una nueva biblioteca de fotos. (No se puede borrar hasta que sepas que funcionó)
- Abra esa nueva biblioteca vacía de fotos y arrastre todo (usando CMD+a en el buscador) en esa carpeta exportada a la ventana de Photos.app.
- Durante la importación se le pedirá que elija lo que quiere que se haga con las fotos duplicadas y le mostrará las dos primeras fotos idénticas que haya encontrado, seleccione "saltar" y "aplicar a todas".
- Allí tienes una completa biblioteca de fotos puramente únicas.
Notas: Ya que mencionaste que tienes 5000 fotos, el Mac potencialmente no responderá mientras las arrastras a la ventana. Ten paciencia y deja que haga su trabajo, pero está funcionando. (4.3000 fotos fue un poco tartamudo en mi Mac mini i5 de 2012 pero funcionó después de ser paciente)
Las fotos pueden no ser capaces de detectar si ya tiene esas fotos en la biblioteca todavía, pero hacerlo durante la importación ha demostrado ser una solución fiable, así que prepárese para hacer una importación masiva por ahora.