Creo que tu problema es con Windows XP y no con iTunes.
Efectivamente, iTunes pone los metadatos en cada archivo de música, según la especificación estándar de metaetiquetas ID3.
He comprobado con mi biblioteca de iTunes 10 en Windows 7, y el Explorador de Windows en Windows 7 muestra los metadatos de esos archivos de música de iTunes correctamente.
No puedo probar esto, ya que no tengo un sistema Windows XP, pero me pregunto si tal vez el Explorador de Windows en Windows XP muestra los metadatos de los archivos de alguna manera diferente que hace que no reconozca las etiquetas ID3 colocadas en los archivos por iTunes 10.
Sé que la forma en que el Explorador de Windows muestra los metadatos cambió radicalmente cuando se lanzó Windows Vista, y funciona básicamente igual en Windows 7.
Sospecho que iTunes funciona bien con Windows Vista y Windows 7 en este sentido, pero que Windows XP, al ser una tecnología de 2001 y estar más de una década desfasado, no lo hace según las convenciones estándar de los Windows "modernos".
Aquí se muestra un archivo de iTunes 10 en el Explorador de Windows en Windows 7.