¿Existe alguna forma de copiar archivos mp3 directamente a un ipod desde la línea de comandos?

No, a menos que utilices un firmware personalizado (Rockbox, iPod Linux para modelos antiguos). El iPod depende de un archivo de base de datos para reproducir archivos y si simplemente copias los archivos no estarán en dicha base de datos y, por lo tanto, el iPod no podrá reproducirlos.