En cuanto a la forma recomendada, eso es algo sujeto a opinión.
En cuanto a hacerlo con aplicaciones instaladas, esta es una forma de hacerlo. Esto requiere 2 aplicaciones. Si realmente necesitas un archivo MOV, así es como lo encontré. (Si MP4 es adecuado, entonces omite el paso dos.)
Paso Uno
Usando Handbrake, convierte el archivo WMV a MP4.
Paso Dos
Usando MPEG Streamclip, convierte el MP4 resultante a MOV (el proceso puede tardar considerable tiempo dependiendo del tamaño/duración de tu película) NOTA: La última actualización del software fue en 2012. Así que ten en cuenta que puede o no funcionar bien en tu sistema.
También hay otros convertidores gratuitos que pueden convertir MP4 a MOV. Pero este proceso de 2 pasos es el que encontré que es efectivo.
Probando con un archivo WMV de duración de 2m:18s:
Tamaño original de WMV: 7.2 MB
Tamaño convertido de MP4: 9.7 MB
Tamaño resultante de MOV: 14.8 MB
EDICIÓN: Como señaló el usuario3439894 en los comentarios, QuickTime Player convertirá MP4 a MOV. QuickTime Player ya está instalado en OS X.