Puede ser difícil darle una respuesta concreta de sí/no, porque las cosas siempre pueden salir mal, e incluso si consigue reemplazar la batería, puede romper algo en el proceso de recomponerla. (El procedimiento de reemplazo es una prueba bastante complicada, como probablemente sepas).
Dicho esto, yo encontré este foro lo que me hizo indagar un poco más en él. Existe un software que te permite sacar la música de tu iPod - como CopyTrans que puede permitirte hacer una copia de seguridad de tu iPod, si así lo deseas. De hecho, aquí hay una lista completa de programas informáticos que debería proporcionarle esa funcionalidad. Desplácese hacia arriba en ese enlace y podrá encontrar más información útil.
Volviendo al tema: sustituir la batería principal no debería tener ningún efecto negativo en tu iPod. (Una nota interesante: fíjate en que Apple nunca advierte sobre dejar un dispositivo totalmente descargado demasiado tiempo con el riesgo de perder datos - hay otros problemas que pueden ocurrir si eso ocurriera, por supuesto). Los iPods usan almacenamiento Flash que no depende de la energía constante - como algunos tipos de RAM.
Así que el resumen de esto: usted no debería perder datos, pero hacer una copia de seguridad de todos modos.