¿Cómo actualizar un Jailbreak iOS sin perder las aplicaciones de Cydia?

Puedes usar AptBackup o PkgBackup para hacer una copia de seguridad de tus descargas de Cydia antes de restaurarlas, y luego reinstalarlas después de la restauración y volver a ejecutarlas para reinstalar todas las cosas de Cydia que tenías.

Puedes hacer una copia de seguridad y restaurar tus selecciones de paquetes de Cydia de la siguiente manera:

Copia de seguridad de la lista de paquetes instalados en la máquina actual

dpkg --get-selections > selections.txt

Muévete selections.txt a la nueva máquina.

Establecer la lista de paquetes en la nueva máquina e instalar los paquetes.

dpkg --set-selections < selections.txt
apt-get update
apt-get upgrade

Fuente: El post de Farslayer en LinuxQuestions.org