Extraño comportamiento del portapapeles en OS X El Capitan

He estado experimentando un comportamiento muy extraño del portapapeles en mi mac.

Este es mi sistema operativo

Soy desarrollador y de vez en cuando necesito copiar y pegar código, texto o incluso archivos.

Lo que me ocurre últimamente es que el portapapeles no se comparte entre aplicaciones.

Por ejemplo no puedo copiar una url desde Chrome y pegarla en Safari. No me da ningún error, simplemente no pega nada.

Por ejemplo, acabo de seleccionar la URL de esta página, pero en el portapapeles veo el dropbox de la URL añadido a mi portapapeles.

Otro problema extraño es que utilizo Sublime Text en el día a día, y a veces si necesito copiar y pegar código en otro lugar, no pega nada en absoluto o añade a veces 10 nuevas líneas entre cada línea de lo que he copiado y a veces 1000s de nuevas líneas en el medio. Lo cual es muy molesto.

He probado a reiniciar el portapapeles desde el terminal y desde el Monitor de Actividad y sigue el mismo problema.

A veces, cuando salgo y vuelvo a abrir Sublime, el problema en Sublime se soluciona, pero por un corto período de tiempo. Luego vuelve a aparecer.

También uso Alfred 2 para los flujos de trabajo y los accesos directos, que tiene un historial del portapapeles, pero cuando empieza a suceder tampoco copia en su portapapeles.

A veces copiar y pegar funciona sólo con el ratón y a veces ni siquiera con él.

También he probado a reparar los permisos, ejecutar Onyx y reparar todo.

ACTUALIZACIÓN Recientemente he probado a reiniciar en modo Recovery para reparar los permisos así como a borrar la NVRAM pero me sigue pasando lo mismo.

Hasta ahora la única solución que he encontrado es un reinicio, que hace que funcione durante un tiempo.

¿Alguna pista?