¿Hay alguna forma de exportar mis marcadores resaltados en iBooks?

Sí, si tienes un Mac.

Consigue iExplorer aquí http://www.macroplant.com/iexplorer/

conecta tu dispositivo iOS y utiliza iExplorer para busque en el archivo books y arrastre los siguientes archivos a su escritorio. iBooks.plist y iBooksData2.plist

y esta aplicación https://github.com/lgoss007/BookmarkExtractor

coloca los archivos en el lugar adecuado y podrás obtener tus destacados

Lo sentimos, pero (al menos actualmente) no hay forma de hacerlo.

Aplicación de terceros Digerido - hace exactamente lo que necesitas: "Importa rápidamente marcadores y notas desde iBooks en iPhone, iPod, iPad, exporta a PDF y Evernote..."

Puede hacerlo por libro desde iBooks:

1. Abrir el libro
2. Pulse el botón "Lista" para abrir el índice.
3. Cambiar a la pestaña Notas
4. Pulse el botón Compartir
5. Seleccione Editar notas
6. Seleccionar todo
7. Compártelo por correo electrónico o a través de otra aplicación.

Véase esta otra pregunta para saber cómo hacerlo en MacOS.