Minimizar en la parte derecha de la bandeja es prácticamente la norma para las llamadas "aplicaciones basadas en documentos", por lo que una aplicación abierta puede tener 1 o más ventanas (o "documentos") abiertas. Esto permite que cada ventana individual tenga su propio icono minimizado, con un icono basado en la vista previa para permitirle distinguir entre ellas.
Las aplicaciones que no se basan en múltiples ventanas, como por ejemplo la Utilidad de Discos, suelen minimizarse en el icono de la aplicación, e incluso si (como Safari) hacer tiene varias ventanas, entonces al hacer clic en el icono de la aplicación del dock debería ir a la ventana más reciente si no es simplemente la única.
En cualquier caso, el icono de aplicaciones en ejecución de Safari debería permanecer en el dock, aunque tengo que admitir que el mío también desapareció recientemente, aunque no recuerdo si fue antes o después de ML.
Un reinicio debería solucionarlo, ya que me parece que es un fallo transitorio, pero si estás familiarizado con Terminal.app puedes escribir lo siguiente para reiniciar el proceso del Dock, lo que debería eliminar esos gremlins:
killall Dock
También puedes forzar que las aplicaciones basadas en documentos sólo se minimicen al icono del dock y no produzcan iconos por ventana en la parte derecha del dock en las Preferencias del Sistema:
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