"Advertencia: el archivo SUID ha sido modificado y no se reparará" después de reparar los permisos del disco

Simplemente te está indicando que el archivo ha sido modificado y debido a eso Disk Utility no puede reparar los permisos en él.

ARDAgent.app es el agente de Apple Remote Desktop, y el archivo mostrado en la ruta anterior es el archivo binario contenido dentro del paquete de la aplicación. Es normal que el archivo se muestre como un error aquí. Simplemente ignóralo.

El artículo de soporte de Apple TS1448 detalla cuáles mensajes de error se pueden ignorar en Disk Utility.
El error que proporcionaste se muestra en la lista, por lo que puede ser ignorado de forma segura.

Mensajes de Reparación de Permisos de Disk Utility que puedes ignorar de forma segura

• Advertencia: El archivo SUID "System/Library/CoreServices/RemoteManagement/ARDAgent.app/Contents/MacOS/ARDAgent" ha sido modificado y no será reparado.

No te preocupes, este es uno de los mensajes que puedes ignorar de forma segura. Para obtener una lista completa, visita el artículo de Base de Conocimientos de Apple sobre este tema.

Este error ocurrió después de que actualicé al último RDA de Apple. Para rastrearlo hice lo siguiente:

1. Instalación limpia de OS X 10.9.1
2. Ejecutar "Reparar Permisos de Disco" - No se encontró nada
3. Actualizar iTunes al más reciente (y teóricamente el mejor)
4. Ejecutar "Reparar Permisos de Disco" - No se encontró nada
5. Actualizar iBooks (otro gran trabajo)
6. Ejecutar "Reparar Permisos de Disco" - No se encontró nada
7. Actualizar Administrador de Escritorio Remoto.
8. Ejecutar "Reparar Permisos de Disco" - Advertencia: El archivo SUID "System/Library/CoreServices/RemoteManagement/ARDAgent.app/Contents/MacOS/ARDAgent" ha sido modificado y no se reparará.
9. Ejecutar Reparar Permisos de Disco - Mismos resultados
10. Ir a System/Library/CoreServices/RemoteManagement
11. Renombrar RemoteManagement a RemoteManagement-Bak
12. Ejecutar "Reparar Permisos de Disco" - No se encontró nada (No reinicié después de renombrar el directorio, así que si el archivo está activo (y no aparece en Monitor de Actividad, así que no estoy convencido de que lo esté), ¿por qué no me dio el mismo mensaje de error?
13. Ahora, no quiero sacar conclusiones apresuradas, pero de alguna manera creo que el problema está en la actualización de RDA. Nunca había tenido ese mensaje de error antes (comenzando con 10.7) pero lo tuve después de la actualización.
    Oh, como nota al margen: Antes de renombrar ese directorio y hacer desaparecer el mensaje de error, inicié en modo de usuario único y ejecuté Utilidad de Disco y tuve exactamente el mismo mensaje de error. Luego inicié desde una unidad de instalación USB y ejecuté Utilidad de Disco nuevamente, mismos resultados. Ahora, si este error se produce porque el archivo está abierto, ¿por qué no apareció en la primera ejecución de "Reparar Permisos de Disco" antes de hacer las actualizaciones? ¿Por qué solo apareció después de realizar la actualización? Puede que no sea Einstein, pero sé que 2+2=3.9999999 más o menos... y esta es una actualización de RDA = mensaje de error.

Tenga en cuenta que cometí un error al cambiar los permisos globalmente en la carpeta var. Después de reinstalar el sistema, seguía teniendo problemas para abrir archivos dmg. El DiskUtility anunciaba los siguientes problemas:

Los permisos difieren en "private/var/db/ConfigurationProfiles"; deberían ser drwxr-xr-x; son drwsr-s--T
Advertencia: El archivo SUID "private/var/db/ConfigurationProfiles" ha sido modificado y no se reparará
Los permisos difieren en "private/var/db/SystemPolicy"; deberían ser -rw-r--r--; son -rwsr-s--T
Advertencia: El archivo SUID "private/var/db/SystemPolicy" ha sido modificado y no se reparará
Los permisos difieren en "private/var/db/launchd.db/com.apple.launchd"; deberían ser drwxr-xr-x; son drwsr-sr-t
Advertencia: El archivo SUID "private/var/db/launchd.db/com.apple.launchd" ha sido modificado y no se reparará
Los permisos difieren en "private/var/db/locationd"; deberían ser drwxr-x---; son drwsr-s--T
Advertencia: El archivo SUID "private/var/db/locationd" ha sido modificado y no se reparará
Los permisos difieren en "private/var/yp/binding"; deberían ser drwxr-xr-x; son drwsr-s--T
Advertencia: El archivo SUID "private/var/yp/binding" ha sido modificado y no se reparará

Después de restablecer cuidadosamente los permisos manualmente ya que DiskUtility no lo haría por sí mismo (¿por qué?), se solucionó mi problema.

Por lo tanto, no estoy de acuerdo con lo que se escribe en todas partes: esos mensajes son importantes, y si tiene malos permisos en algún lugar, debe corregirlos.