Dos Time Capsules en una red, el Macbook se conecta a la más lenta al hacer la copia de seguridad.

No lo dices explícitamente, pero ¿uno de los AP está ampliando al otro, o ambos tienen ID de red independientes?

Si participan en lo que antes se llamaba una red ampliada WDS, entonces es complicado decirle cuál utilizar. Pero si los tienes operando SSIDs separados, entonces puedes simplemente no guardar la contraseña del que está más lejos y permitir que el macbook ni siquiera tenga opción.

Si ya tienes los 2 routers conectados por cable, entonces no hay absolutamente ninguna necesidad de que emitan el mismo SSID más que para la pulcritud. Normalmente, cuando se hace eso, es porque uno amplía el alcance del otro repitiendo la señal. Esto es totalmente redundante en tu escenario, y es mucho mejor forzar cualquier tráfico que entre en la red en el Router A para enrutarlo por ethernet al Router B si es necesario.

Tener un inalámbrico repetido significa que tienes 2 posibles puntos de acceso idénticos a los que conectarte y tenerlo potencialmente conectado al equivocado, e incluso si se conecta al derecha uno, seguirá pasándoselo posteriormente al otro por Wifi anulando así el beneficio del encantador enlace cableado que tienes. No va a volcar ese tráfico en la LAN local por cable para atravesar al otro router. WDS es para cuando no se puede enlazar por cable.

Hay otras consideraciones:

La velocidad de tus enlaces a un PA puede ser más rápida que a otro, pero eso no tiene en cuenta (ni siquiera dice) cuál es la velocidad de enlace "de vuelta a la base". Imagina esto. Te sientas a 30 metros de un punto de acceso wifi y a 70 de otro, cada uno en línea recta. Tu señal más fuerte es claramente la del que está a 30 metros. Sin embargo, tu mejor conexión puede ser hacer el enlace de 70 metros hasta el punto más alejado, ya que estará más cerca y probablemente será más rápido que ir 30 metros en una dirección hasta lo que parece ser la mejor conexión, que entonces tiene que ir 100 metros volver en sentido contrario para completar la ruta.

Además, no pienses que 300 Mb inalámbricos son más rápidos que 100 Mb por cable. No lo es. Las velocidades indicadas se refieren al ancho de banda total, no al ancho de banda útil. Wifi tiene una sobrecarga considerable que ethernet no tiene, incluyendo información de paquete extendida para paquetes encriptados y handshaking asociado etc etc que un enlace LAN cableado no tendrá.