Sí, eso es malo.
Los controles del ventilador de Apple favorecen el silencio sobre la seguridad y tienden a disminuir la temperatura de la CPU, ignorando el hecho de que la GPU puede salirse de las especificaciones incluso cuando la CPU permanece relativamente fría. Los juegos 3D en particular pueden quemar la GPU debido al sesgo del control nativo hacia la temperatura de la CPU.
Si vas a jugar a videojuegos en un iMac o MacBook, yo fuertemente recomiendan obtener un software de control de ventiladores y establecer un perfil empinado para que los ventiladores giren agresivamente con la temperatura de la CPU, evitando así que la GPU se salga de las especificaciones. Si estás jugando en el Boot Camp, tener un controlador de ventiladores separado es absolutamente esencial.
Suena como si ya tuvieras algún daño en la GPU o en la placa madre. Si todavía estás en garantía o con AppleCare, intenta encontrar un artefacto que puedas reproducir en la barra de Genius y consigue que te cambien la GPU o la placa base. Recuerda que el sistema estará frío cuando llegues allí, por lo que puede tardar un poco en reproducir los problemas de calor. A los Genios les gusta usar el visualizador de iTunes como caso de prueba, pero si tienes un juego sin conexión que produce problemas, también funcionará.
En cualquier caso, aumentar la velocidad del ventilador para mantener la temperatura de la GPU baja mientras se juegan juegos 3D extenderá enormemente la vida de tu sistema.