La concatenación de los archivos AVI con varias pistas

Básicamente lo que tienes que hacer es demultiplexar cada archivo, y luego concatenar los archivos resultantes. Hay una manera de hacer esto con la concat filtro, pero requiere de re-codificación de todo como va.

Así que hay que hacer dos operaciones. En primer lugar, demultiplexar. (Nota: esto no se ha probado con ffmpeg, como no tengo los archivos de vídeo para realizar la prueba, pero en teoría debería funcionar.)

I=0;J=1;for f in $PWD/*.avi;do ffmpeg -i "$f" -map 0:v:0 -codec copy output$I.avi -map 0:v:1 -codec copy output$J.avi && I=$(($I+1)) && J=$(($J+1));done

A continuación, puede utilizar la concat demuxer como de costumbre:

ffmpeg -f concat -i <(for f in $PWD/*.avi;do echo "file '$f'";done) -c copy output.avi