El análogo más cercano que conozco para la organización de documentos de uso general en una "caja de todo" similar a iPhoto/iTunes sería Yojimbo.
Te permite catalogar y organizar la información de forma bastante potente. También puedes consultar Evernote si quieres que los archivos estén en la nube y no utilizas ya un servicio para la sincronización. He oído que Juntos también vale la pena investigar, pero nunca he conocido a nadie que lo haya usado ni lo he probado yo mismo.
Finder es capaz de utilizar etiquetas y búsquedas inteligentes, pero la mayoría de la gente que se inclina por ello ya ha creado una jerarquía de carpetas que utiliza el sistema de archivos para el almacenamiento y Spotlight para la indexación de archivos. Realmente depende de cuánto tiempo quieras invertir en la catalogación y del volumen y tipo de archivos que estés organizando.