Si anteriormente intentó sincronizar su iTunes con su iPhone pero la sincronización no se efectuó hasta el final (sincronización fallida o incompleta), esto podría haber corrompido su archivo de la Biblioteca del iPhone, que contiene todos los listados de las pistas/listas de reproducción de su iPhone, etc.
La sincronización de iTunes se encargaría primero de eliminar este archivo y luego de actualizarlo, tras lo cual añadiría/eliminaría pistas físicamente en su dispositivo. Si una sincronización anterior de iTunes no se ha ejecutado correctamente o se ha interrumpido, iTunes habrá borrado o corrompido el archivo de la biblioteca de tu iPhone, pero mantendrá las pistas físicamente en tu iPhone. Una sincronización de iTunes podría fallar debido a muchas razones - cable USB dañado, ranura USB en el ordenador o dispositivo dañado, desenchufe manual abrupto, etc.
Esto haría que iTunes no viera las pistas de tu iPhone la próxima vez que lo conectaras, ya que iTunes utilizó el archivo de la biblioteca del iPhone únicamente para reconocer el contenido de tu iPhone.
En tu iPhone, en cambio, podrías seguir viendo y poder reproducir las pistas con normalidad.
Si ya tienes todas las canciones de iTunes cargadas en tu biblioteca de iTunes, sólo tienes que restablecer los ajustes de fábrica de tu iPhone a través de iTunes y dejar que iTunes se sincronice completamente con tu iPhone. Esto solucionará el problema.