Puede utilizar KeyRemap4MacBook con un private.xml como esta:
<?xml version="1.0"?>
<root>
<item>
<name>⌃← & ⌃→ to ⌥← & ⌥→</name>
<identifier>remapCtrlLeftAndCtrlRightToAltLeftAndAltRight</identifier>
<autogen>
__KeyToKey__
KeyCode::CURSOR_LEFT, VK_CONTROL | ModifierFlag::NONE,
KeyCode::CURSOR_LEFT, ModifierFlag::OPTION_L
</autogen>
<autogen>
__KeyToKey__
KeyCode::CURSOR_RIGHT, VK_CONTROL | ModifierFlag::NONE,
KeyCode::CURSOR_RIGHT, ModifierFlag::OPTION_L
</autogen>
</item>
</root>
No conozco ninguna configuración de las Preferencias del Sistema al respecto.
Con respecto al comentario, cambia el contenido del <autogen> por
__KeyToKey__
KeyCode::CURSOR_LEFT, VK_OPTION | ModifierFlag::NONE,
KeyCode::CURSOR_LEFT, ModifierFlag::CONTROL_L
__KeyToKey__
KeyCode::CURSOR_RIGHT, VK_OPTION | ModifierFlag::NONE,
KeyCode::CURSOR_RIGHT, ModifierFlag::CONTROL_L