He restaurado desde una copia de seguridad de iCloud antes, incluso los datos en las aplicaciones de terceros fueron restaurados. Pero cualquier aplicación que ya no esté disponible en la tienda de aplicaciones no se restaurará, ya que los binarios de las aplicaciones no están respaldados por iCloud. Pero siempre puedes hacer una copia de seguridad local en el Mac/PC de vez en cuando para estar tranquilo.
Si sincronizas tus aplicaciones con iTunes, tienes la posibilidad de reorganizar las aplicaciones y las páginas de aplicaciones en iTunes. También puedes descargar las actualizaciones de las aplicaciones con iTunes primero y luego sincronizarlas con tus dos dispositivos.
Actualizar más de unas pocas aplicaciones en los iDevices puede ser lento y poco fiable. Muchas veces las aplicaciones grandes (100MB-1GB+) se atascan en la descarga, e impiden que el resto de la cola de descarga se descargue y ni siquiera puedes ejecutar esas otras aplicaciones debido a la barra de descarga vacía y básicamente tienes que reiniciar. E incluso después de reiniciar, la descarga parcial de la aplicación grande permanecerá en el almacenamiento temporal (aparecerá como "Otros" en su mapa de uso de almacenamiento en iTunes). La única forma oficial de borrar esos "Otros" almacenamientos es hacer una restauración. Yo mismo tengo PhoneView, así que entré en el iDevice y borré esos archivos yo mismo cuando un par de juegos parcialmente descargados ocuparon más de 2GB. Hay gente que lo ve volar hasta 5-6GB. El uso normal de "Otros" debería ser de alrededor de 1GB.
https://discussions.apple.com/thread/3374375?start=0&tstart=0
Además, ten cuidado cuando actives la sincronización de aplicaciones, te preguntará si quieres mantener las aplicaciones en tus iDevices, haz clic en "Mantener" o puede eliminar todas tus aplicaciones y datos de terceros en el iDevice y tener que restaurar desde una copia de seguridad más reciente.
Dicho esto, yo uso iCloud para la copia de seguridad y la sincronización. Como medida de seguridad general, siempre realizo una copia de seguridad local en iTunes antes de cambiar cualquier opción de sincronización de iCloud a/desde iTunes.
