Pasé por muchas de las mismas preguntas que tú y tuve que buscar arriba y abajo para encontrar mis respuestas.
En primer lugar, esta es mi configuración:
MacBook Pro Mid 2009
Optibay: SSD
HD Bay: Original Mechanical HD
8GB RAM
OS X Boot Disk: SSD
Windows Boot Disk: Original Mechanical HD
SSD: Mac OS X
Original Mechanical HD: Windows 7 Partition / Mac OS Extended (Journaled)
Bien, aquí están las razones para la configuración descrita. Yo, como tú, puse el SSD en el Optibay por el problema del sensor de movimiento. El Optibay no tiene un sensor de movimiento y el Original Mechanical HD no está equipado con sensor de movimiento. Así que puse el SSD en el Optibay y arranqué en OS X.
El siguiente problema al que me enfrenté fue el hecho de que los Mac pueden congelarse cuando intentan hibernar con un SSD en el Optibay. Así que deshabilité la función de hibernación. Esto tenía algunas ventajas, como un sueño y una reanudación más rápidos y la recuperación de 8 GB de espacio de SSD que se desperdició por la imagen de RAM de Hibernación que hará Hibernación antes de que el equipo se quede sin batería. Obviamente, esto significa que si estaba trabajando en algo importante y mi batería se agota, la habré perdido para siempre. Así que este es un riesgo que tendrás que estar dispuesto a correr, pero depende de ti. Personalmente sólo hago trabajos realmente importantes mientras el cargador está enchufado porque estoy haciendo ese trabajo durante 8 horas seguidas.
Actualización
Ahora, algunas búsquedas sobre el tema me mostraron recientemente que a partir del 10.8.1, este tema de la congelación al despertar del sueño había sido arreglado. No he probado esto personalmente en mi máquina debido a que estoy acostumbrado a tener la hibernación desactivada. No me gusta o necesito la hibernación personalmente y me gusta el espacio extra que obtengo al deshabilitarla. Ahora el artículo dice que ha sido arreglado pero no dice nada sobre Optibays, sólo dice que está arreglado para los SSDs en la bahía HD original. Sin embargo, recomendaría probarlo, dejando la Hibernación encendida, durmiendo la máquina sin hacer ningún trabajo importante, y viendo si se despierta, haciéndolo varias veces, sólo para estar seguros. Si se congela o causa problemas, entonces recomendaría deshabilitar la Hibernación.
Fin de la actualización
Puede desactivar la hibernación con el siguiente comando:
# Check Current Hibernation Status
$ sudo pmset -g | grep hibernatemode
hibernatemode 3
# 3 is the default mode, we want to change this to 0 to disable disk writes.
# Disable Hibernation
$ sudo pmset -a hibernatemode 0
# Now we can remove the old sleep image
$ sudo rm /var/vm/sleepimage
Ahora, en cuanto a Windows, ya que tenía Windows instalado en una partición de 50 GB del disco duro mecánico original, lo dejé ahí. Instalar Windows es un dolor de cabeza y no quería hacerlo de nuevo. Además, rara vez estoy en Windows, sólo lo uso para jugar a algunos juegos y para hacer algo de desarrollo de Windows de vez en cuando. Además, al mantenerlo ahí, evitas que Windows tenga cualquier posible problema con el arranque desde el Optibay (aunque cuando tuve el HD mecánico original en el Optibay como prueba, arrancó perfectamente).
Como uso el SSD para cosas puras de Apple, tomé la partición original de Mac OS X que estaba en mi disco duro mecánico original y la reformateé para que tuviera más espacio para mi Mac. Descargo y almaceno todos mis pesados y gigantescos archivos de espacio extra en esa partición para no ocupar espacio en mi precioso y rápido SSD en el Optibay. También puedes particionarlo en un formato al que puedan acceder tanto Mac OS X como Windows 7, como ExFAT, para que ambos jueguen bien con el espacio y tengas un almacenamiento extra que ambos puedan compartir. Muy conveniente.
Ahora, después de colocar todas las piezas en su sitio, asegúrese de ir a Preferencias del Sistema > Disco de inicio y configure su SSD como disco de inicio. Si no lo hace, podría retrasar el tiempo de arranque porque cree que tiene que buscar el disco en la bahía del disco duro original.
Otro consejo que verán por todos lados es habilitar el TRIM en su SSD. Sólo tienes que hacerlo si tu SSD no lo hace ya por ti. Mi SSD no requería que habilitara el TRIM, así que no lo hice. Habilitarlo cuando no es necesario puede a veces reducir ligeramente el rendimiento, pero no hará daño a nadie. Sólo revisa la página web del fabricante o haz una búsqueda en Google en tu disco para ver si es necesario.
Otra cosa que se ve por todas partes es gente recomendando software para hacer una copia a tu nuevo SSD. Normalmente, la copia en la unidad SSD no supone ningún problema, pero a veces pueden surgir problemas, especialmente si también se copia en la partición de Windows. Yo, como muchos otros, recomendaré que se realice una instalación limpia y que se copien los datos y se reinstalen los programas. Obviamente, esto podría ser un gran dolor de cabeza, pero vale la pena. Normalmente le permitirá hacer un balance de lo que hay en su disco, y le ayudará a recortar la grasa de su sistema de archivos y reorganizarse. He hecho ambas cosas, copiar completo e instalar limpio y copiar y puedo decir que mi máquina parecía un poco más rápida con la instalación limpia. Mi tiempo de arranque se redujo en un segundo o dos también.
Haciendo todo esto y tomando las precauciones con la Hibernación, mi ordenador nunca ha sido más rápido. ¡Se enciende en 6 segundos!
Le recomiendo encarecidamente un Optibay si puede, puede marcar la diferencia. Espero que esta larga respuesta le ayude y responda a sus preguntas sobre el almacenamiento de su SSD en su Optibay. Personalmente, fue la mejor elección para mi ordenador y mis necesidades.