¿Es normal tener un archivo oculto con el nombre .file en /?

Puede consultar la base de datos de recepción de paquetes.

pkgutil --file-info /.file

en una máquina con OS X 10.6 los resultados son

volume: /
path: /.file

pkgid: com.apple.pkg.BaseSystem
pkg-version: 10.6.0.1.1.1249291854
install-time: 1252683091
uid: 0
gid: 80
mode: 0

pkgid: com.apple.pkg.Essentials
pkg-version: 10.6.0.1.1.1249291854
install-time: 1252683099
uid: 0
gid: 80
mode: 0

Sí, es normal (y, como han dicho otros, forma parte de la instalación estándar del sistema operativo).
Facilita una característica de Apple por la que los archivos pueden ser referenciados por una clave compuesta de ID de dispositivo e ID de inodo, así: /.file/id=6571367.17424234/
Se puede acceder a todos los archivos y carpetas del sistema de archivos a través de esta ruta alternativa.
Una de las ventajas de esta ruta de "referencia" es que no cambiará cuando se renombre un archivo (porque el ID del inodo no cambia cuando se renombra un archivo). Creo que es una parte fundamental de cómo funciona el aliasing en un Mac.

No lo quites.

Ver "URL de referencia del archivo" en este documento de Apple .

Sí, es normal y el .file forma parte del archivo BaseSystemResources.pkg y Paquete esencial paquetes dentro del InstalarESD.dmg imagen de disco del Instalar OS X $version.app paquete, por ejemplo Instalar OS X Mountain Lion.app Sin embargo, desconozco su finalidad.