Según la respuesta de Alan, cualquier disco servirá. Es tu decisión cuán grande es y cuán rápido es el acceso a él, etc.
Un punto a tener en cuenta es que por defecto Time Machine funciona en base a archivos individuales (actualmente), no en base a bloques, y como tal, aquellos que utilizan datos almacenados en archivos grandes que cambian regularmente, encontrarán que TM mueve regularmente muchos datos a su disco de respaldo. Esto puede resultar en llenar rápidamente tu disco de respaldo, hacer copias de seguridad constantemente, etc., y puede que descubras que hay una mejor solución para ciertos archivos como estos.
Por ejemplo, Entourage almacena todo su correo en un archivo de base de datos grande. Recibe un correo electrónico y todo el archivo de base de datos se respalda de nuevo. Realiza cualquier cambio en un archivo de máquina virtual y todo el archivo se respalda de nuevo, cada hora. El otro día estaba usando Twitter durante una hora y se respaldaron 14Gb. No podía entender por qué, ya que no había usado ningún otro programa, hasta que me di cuenta de que tenía Steam en funcionamiento y había descargado un par de actualizaciones...
Si tu programa de máquina virtual de elección tiene la capacidad de hacer copias de seguridad de instantáneas, es posible que te convenga hacer una copia manual de tus archivos de máquina virtual en tu disco de TM (puedes almacenar datos arbitrarios de tu elección en el mismo disco que tus copias de seguridad de TM, solo no uses la estructura de carpetas de TM), luego excluye el archivo de futuras copias de TM y configura copias de seguridad regulares en su lugar. Seguro que existen otras soluciones alternativas.
Por supuesto, si tus datos son importantes para ti, deberías hacer lo que sea necesario para respaldarlos, y un disco Thunderbolt seguramente lo manejará, simplemente asegúrate de tener un disco seriamente grande conectado para asegurarte de que no se llene demasiado rápido. Si tienes, digamos, 100Gb de máquinas virtuales y las usas todas durante una jornada laboral de 7 horas, teóricamente podrías crear 700Gb de copias de seguridad al día, algo que Thunderbolt ciertamente manejará, pero incluso si tienes un disco de 2Tb colgado del cable, ni siquiera obtendrás copias de seguridad de 3 días antes de que esté lleno y empiece a reemplazar las anteriores. Y ese no es un régimen de copia de seguridad muy bueno si tus datos son importantes, de hecho es apenas mejor que un clon de disco una vez al día.
Solo algunas cosas para que las consideres :)