¿Por qué mis utilidades de línea de comandos funcionan tan lentamente en mi Mac?

Lo primero que yo comprobaría es que no tienes un extraño $PATH - tiempos de ejecución de un archivo que no existe y que debería ser rápido:

Mac:~ bmike$ time /bin/ls /private/xyz
ls: /private/xyz: No such file or directory

real    0m0.004s
user    0m0.001s
sys     0m0.002s

Mac:~ bmike$ time /bin/ls /private/tmp
com.apple.launchd.q2QmVhsPCV    com.apple.launchd.zQ5EK6R6AZ

real    0m0.006s
user    0m0.002s
sys     0m0.003s

Lo siguiente sería comprobar la actividad general del sistema:

Mac:~ bmike$ vm_stat 5
Mach Virtual Memory Statistics: (page size of 4096 bytes)
    free   active   specul inactive throttle    wired  prgable   faults     copy    0fill reactive   purged file-backed anonymous cmprssed cmprssor  dcomprs   comprs  pageins  pageout  swapins swapouts
  306160  1168138    79266    53096        0   299239   613825 20971811   345367 15995721      237  2472732      203216   1097284   328691   190541   260034   646113   623838      285   286101   299172 
  305613  1172072    79345    53098        0   295915   618898     1191        1      680        0        0      203297   1101218   328691   190541        0        0        0        0        0        0 
  306163  1188285    79345    53088        0   279370   621180     1055        0      600        0        0      203287   1117431   328682   190541        9        0        0        0        0        0 
  306039  1186031    79345    53088        0   281598   621176      729        0      293        0        0      203287   1115177   328664   190541       18        0        0        0        0        0 
^C
Mac:~ bmike$ iostat 5
          disk0       cpu     load average
    KB/t tps  MB/s  us sy id   1m   5m   15m
   31.31  12  0.35   9  4 86  1.32 1.41 1.43
    0.00   0  0.00   2  2 96  1.21 1.38 1.42
   18.40   1  0.02   5  2 93  1.20 1.38 1.42
   22.00   1  0.02   3  2 95  1.20 1.38 1.42
^C

Entonces salía de todas las aplicaciones y cerraba la sesión de todos los usuarios y reiniciaba. Si su Mac le permite iniciar la sesión, desactívela en las preferencias del sistema para poder realizar un inicio de sesión seguro después del reinicio. (Mantenga la tecla de mayúsculas inmediatamente después de pulsar retorno si escribe una contraseña para iniciar la sesión de su usuario o mantenga pulsada la tecla de mayúsculas justo después de seleccionar el icono de su usuario si no tiene una contraseña).

Repite las mediciones (y opcionalmente cronometra las herramientas gnu alternativas) para saber si el problema es temporal o sistemático.

De manera similar a lo que dijo @bmike, tu $PATH podría tener algo en él que hace que el shell se retrase antes de encontrar el comando que estás tratando de ejecutar. Además del date comando, time también debe ser nombrado explícitamente en la línea de comandos.

Prueba con /usr/bin/time /bin/date y time date unas cuantas veces seguidas para ver si hay alguna diferencia en la salida. Si es así, entonces echo $PATH debería darte una pista sobre la causa del retraso.