Tuve un problema similar: la "actualización del firmware de la pantalla Thunderbolt 1.2" seguía reapareciendo en la AppStore, a pesar de que la actualización parecía haberse realizado con éxito.
Según Apple la actualización fue exitosa cuando la Versión del Firmware es 26.2 y la Versión del Firmware de Port Micro es 2.0.7 (visible en Acerca de este Mac -> Informe del Sistema).
Las versiones anteriores eran correctas en mi caso, pero la actualización seguía apareciendo en la AppStore... (probablemente descargué e instalé la actualización manualmente después del primer fallo, pero no lo recuerdo...)
Para deshacerse de la molesta actualización en la AppStore he utilizado el comando de actualización del software en la línea de comandos:
softwareupdate --ignore TBdisplayFWUpdate1.2
El nombre del paquete de actualización puede variar. Por ejemplo:
softwareupdate --ignore ThunderboltFirmwareUpdate1.2
Para encontrar el nombre correcto de la actualización para su máquina, utilice el siguiente comando y copie el nombre del paquete de actualización hasta el "-"
softwareupdate -l