Tengo exactamente el mismo problema después de actualizar a 10.9.3 ayer pero con carpetas ligeramente diferentes...
Carpeta de usuarios con el mismo problema que la suya
Usuarios/Compartiendo el mismo problema que con el tuyo
y
Aplicaciones/Safari.app/Contenidos/Recursos/Safari.help/Contenidos/Recursos/index.html
debería ser: Irwxr-xr-x
es: -rwxr-xr-x
No importa lo que intente, después del siguiente reinicio el problema dice hola de nuevo.
Bueno, no he tenido la oportunidad de probarlo todavía, pero puede que quieras probar lo siguiente:
Inicie su ordenador con Alt + CMD + P + R para un reinicio de la PRAM. Inicie su ordenador con CMD + R para el arranque de la partición de recuperación Inicie la Utilidad de Discos y repare los permisos. Salga de la Utilidad de Discos y abra el Terminal (Utilidades -->> Terminal) y escriba:
cd /Volumes/Macintosh\ HD (or the name of your partition)
chmod 755 Users
chmod 755 Users/Shared
chflags nohidden Users
chflags nohidden Users/Shared
Reinicie, normalmente todo debería volver a la normalidad