Están ocultos por una razón, y esa razón es porque no deberías acercarte a ellos si no sabes lo que estás haciendo.
Para reparar la instalación
En el arranque, mantenga Cmd ⌘ R & ir a Recuperación, o a Recuperación de Internet si eso no funciona.
Ver Acerca de la recuperación de OS X
Extracto:
OS X Recovery incluye un conjunto de utilidades integradas como parte del sistema de recuperación.
Puedes utilizar OS X Recovery para hacer lo siguiente:
- Restaura tu Mac desde una copia de seguridad de Time Machine.
- Verifique y repare las unidades conectadas utilizando la Utilidad de Discos.
- Comprueba tu conexión a Internet u obtén ayuda en línea con Safari.
- Instala o reinstala OS X.
Yo sugeriría que debería intentar en ese orden, probablemente ignorando 'verificar y reparar' ya que usted sabe exactamente por qué los archivos ya no están allí.
Para recuperar los archivos invisibles desde Time Machine, primero tendrías que configurar el Finder para que "muestre los invisibles", lo que se puede hacer desde el Terminal o mediante Applescript - aunque no estoy seguro de cómo se haría eso desde el inicio de la recuperación.
Si no es así, la única opción sería reinstalar OS X, ya sea desde la partición de recuperación o a través de Internet Recovery - esto reemplazará sólo los archivos del sistema, sus datos no se verán afectados.