Sí, el instalador de Macintosh sólo toca los datos dentro de la partición al reinstalar Snow Leopard, pero no hay garantía de que el software de Windows siga arrancando, ya que Apple no admite que se vaya hacia atrás de esa manera. (es decir, no lo prueban por lo que tiene aún menos apoyo que lo que proporcionan para Boot Camp en general)
Puedes tener problemas en el lado de Boot Camp si el software de Boot Camp más antiguo ve que tu partición de Boot Camp es más nueva de lo que espera. Esto significa que puede no funcionar, por lo que necesita ser respaldado y preparado para reinstalar el lado de Windows de las cosas a menos que alguien más puede editar o responder que han probado esto varias veces. Podría estar bien, pero me sentiría mal si usted tomó el lado de Mac siendo fácil como garantía de que todo funcionaría perfectamente en el lado de Windows después de ir hacia atrás.
Lo más prudente sería instalar Snow Leopard en un disco externo y cambiarlo dentro del mac para probar si Boot Camp funciona en tu nueva configuración. Esto implica tiempo y potencialmente dinero de la tecnología, por lo que es posible que desee comprobar los costos de virtualización si eso es una alternativa viable para usted.