No hay forma de evitar que un sitio web desactive el zoom en Safari para móviles. El zoom se desactiva en el código HTML así:
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0, maximum-scale=1.0, user-scalable=no" />
Para desactivar esto, tendrías que tener un extractor de HTML que eliminara este HTML de la página web. Podrías usar una aplicación de Cydia, pero no he encontrado nada que lo haga.
Tu mejor opción es probablemente utilizar un navegador iOS que te permita cambiar el agente de usuario. La mayoría de los sitios web insertan el HTML anterior cuando detectan que tu navegador es un navegador móvil. Algunos navegadores web gratuitos son:
Se puede encontrar una lista más completa aquí.