He actualizado XCode a la versión 7.0.1 a través de la tienda de aplicaciones, pero sigue mostrando la versión 6.4 en la aplicación y faltan las nuevas características

Yo haría lo siguiente:

• Abrir Xcode
• Abrir Preferencias
• seleccionar ubicaciones

Si las herramientas de línea de comandos y el cuadro de Xcode no dicen 7.0.1 (7A1001), entonces es posible que desee eliminar Xcode utilizando Launchpad y luego volver a abrir la App Store para descargar una copia limpia de la aplicación. Si quieres purgar los viejos simuladores y el SDK de ~/Library/Developer, hazlo ahora también después de hacer una copia de seguridad de las cosas por si acaso.

Tuve algunos problemas con las versiones beta de la aplicación y borrar todos los rastros de la aplicación me ayudó con algunos problemas de descarga de conjuntos de documentos - ¿quizás tus problemas con el simulador están relacionados con la mezcla de versiones entre la 6 y la 7 también?