En las preferencias del sistema, he configurado todas ellas como "Ninguna" para las distintas aplicaciones, pero sigo viendo cosas como las actualizaciones de software y el estado de la batería en ventanas emergentes en la esquina superior derecha de la pantalla.
¿Hay alguna forma de desactivar todas las notificaciones?
No molestar silenciará todas las notificaciones. Puedes activarlo abriendo el Centro de Notificaciones, haciendo clic en el icono NC de la barra de menús (o deslizando desde el lateral del trackpad con dos dedos) y activando el interruptor.
Puede activar de forma permanente la opción No molestar accediendo a Preferencias del sistema → Notificaciones y estableciendo el horario en " 00:00 a 23:59 ".
→ 
Para eliminar por completo el Centro de notificaciones, puedes ejecutar los siguientes comandos de Terminal:
launchctl unload -w /System/Library/LaunchAgents/com.apple.notificationcenterui.plist
killall NotificationCenter
sudo defaults write /System/Library/LaunchAgents/com.apple.notificationcenterui KeepAlive -bool FalseAsegúrese de desplazarse para copiar toda la línea
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