De hecho, la ventaja #1 de usar MAMP es tremenda: ¡Cada vez que actualizas tu sistema, tu entorno no se rompe!
Hubo un par de actualizaciones de Snow Leopard (o tal vez fue de Leopard a Snow Leopard, no puedo recordar) que rompieron Mysql. Una fue al mover el archivo mysql.socket. Hubo otra actualización que rompió PHP. En ambos casos tuve que buscar por Internet durante horas en sitios oscuros para encontrar información sobre cómo arreglarlos.
Con MAMP no tienes este problema, puedes instalar todas tus actualizaciones del sistema operativo, o incluso borrar el disco duro e instalar desde cero (siempre y cuando hagas una copia de seguridad de tu aplicación MAMP, por supuesto) y seguir teniendo todo tu entorno igual que antes. Esta es la principal razón por la que uso MAMP. He sido afectado por estos problemas demasiadas veces.
Desventajas:
Cuando compiles cosas nuevas, debes asegurarte de decirle que use los archivos de MAMP y no los integrados. Esto a veces puede ser un problema para algunas partes de Rails (el gem Phusion Passenger viene a la mente que se queja de no encontrar las fuentes de apache). Pero dependiendo de cuánto experimentes, MAMP es un verdadero salvavidas.
En cuanto a tener cosas duplicadas en tu disco, la solución es muy simple, simplemente elimina las instalaciones integradas que te molesten, yo me deshice de /usr/local/Mysql para evitar conflictos. Aunque no recomendaría eliminar apache y PHP.
