Es difícil decir con precisión qué es lo que buscas. Tal vez podría dar un ejemplo de lo que está buscando.
Mi primera respuesta es recomendar que investiguen a R http://www.r-project.org/ y algunos de los GUI basados en ella. Se está convirtiendo rápidamente en un estándar en cualquier campo que requiera análisis estadístico, desde finanzas cuantitativas, a la medicina, a las ciencias sociales.
Tiene un horrible lenguaje de programación pero un enorme archivo de paquetes http://cran.r-project.org/ . Yo recomendaría husmear en el sitio de intercambio de estadísticas de pila para los punteros, pero algunos GUI notables incluyen RapidMiner (http://rapid-i.com/content/view/181/190/), RStudio (Nuevo y acaba de salir de la puerta, así que no esperes mucho en este momento http://www.rstudio.org/ ), Red-R (http://www.red-r.org/), R Commander (http://socserv.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/), y Rattle (http://rattle.togaware.com/). R también está integrado en SAGE, con el que puede que ya estés familiarizado. Un gran beneficio de R es Sweave, que permite la integración con LaTeX, para que sus trabajos puedan rendir sus datos y publicación al mismo tiempo.
Si sólo quieres una solución gráfica, WaveMetrics IGOR (http://www.wavemetrics.com/) es probablemente la mejor apuesta. Está disponible en Windows y Mac OS para que puedas compartir archivos con otras personas con bastante facilidad.
KaleidaGraph (http://www.synergy.com/) y pro Fit (http://www.quansoft.com/) son también opciones notables.
Uno de los secretos que descubrirá al pasar el rato en varios foros de visualización, especialmente el de Edward Tufte (http://www.edwardtufte.com/bboard/q-and-a?topic\_id=1), es que un gran número de los gráficos publicados (especialmente el suyo) suelen empezar en Excel y se exportan para ser manipulados en Adobe Illustrator. Es posible que tengas en mente un gráfico que proviene de este conducto, que tiene un gran esfuerzo manual pero un magnífico potencial de salida. También he hecho algo similar con Mathematica (mi herramienta preferida) cuando necesito una salida de calidad de impresión.