El iMac no se ha apagado desde que se actualizó a OS X 10.11, El Capitán

He comprobado que borrando toda la caché y el mantenimiento de las fuentes se ha resuelto el problema.

rm -rf ~/Library/Caches/*
rm -rf ~/Library/Saved\ Application\ State/*
sudo rm -rf /Library/Caches/*
sudo rm -rf /System/Library/Caches/*
atsutil databases -removeUser
sudo atsutil databases -remove
sudo atsutil server -shutdown
sudo atsutil server -ping
sudo rm -rf /var/folders/*

Reiniciar inmediatamente

Yo también tuve este problema y estuve cerca de una hora al teléfono con Apple. Resulta que había un problema con una aplicación de terceros.

Una vez que entré en Preferencias del sistema > Usuarios y Grupos> luego en Elementos de acceso y eliminé todos los elementos de la lista, mi ordenador pudo apagarse correctamente.

Si usas productos de Avid podrías probar a quitarlos:

/Library/Audio/Plug-Ins/HAL/Avid CoreAudio.plugin/ 

o

/Library/Audio/Plug-Ins/HAL/Digidesign CoreAudio.plugin/ 

esta fue la causa de que tres de nuestros ordenadores no se apagaran tras la actualización de El Capitán. Después de quitar el primer apagado requerirá sudo shutdown -r now del terminal o mantenga pulsado el botón de encendido. Esto nos solucionó el problema en los tres ordenadores.

Si tiene una actualización pendiente, puede que esté intentando instalarla antes de apagarse y usted la está interrumpiendo. Comprueba si tienes alguna actualización pendiente que requiera un reinicio. Mac OS X 10.11.1 está apagado y requiere un reinicio con bastante tiempo para instalarse.

Yo también tuve este problema. No podía apagar desde el menú de Apple o incluso cerrar la sesión. Todos los elementos del escritorio y la barra de menú desaparecían cuando intentaba apagar, pero el dock permanecía y la máquina nunca se apagaba. Incluso podía reabrir las aplicaciones en el dock, excepto el Finder. Sin embargo, pude apagar yendo a la pantalla de inicio de sesión y haciendo clic en ShutDown allí. Intenté todos los reinicios habituales, iniciar y apagar en modo seguro, etc.
Después de leer todos los posts que pude encontrar, y a base de prueba y error, descubrí que era culpa mía. Había borrado los archivos de la aplicación (en mi caso, CiscoVPN) de mi disco duro, sin hacer el proceso de desinstalación. Finalmente me di cuenta de que el iMac seguía teniendo CiscoVPN como elemento de inicio (menú Apple > Acerca de este Mac > Informe del sistema > Software > Elementos de inicio). Tuve la suerte de que el sitio web de Cisco incluía instrucciones explícitas para eliminar CiscoVPN del inicio. Copié/pegué las líneas de las instrucciones de Cisco en el Terminal, reinicié el ordenador y ahora se apaga normal y rápidamente. No creo que CiscoVPN tuviera ningún problema, sino que era lo que mi iMac buscaba en el arranque y probablemente seguía buscándolo cuando intenté apagarlo. Así que comprueba tus elementos de inicio y asegúrate de que si hay algo ahí, la aplicación también está en tu máquina.